Workbenchでクエリを発行したところ、このようなエラーが発生しました。

Error Code: 2013. Lost connection to MySQL server during query

対処

1. Preferencesを開きます。
2. SQL EditorのMySQL Session>DBMS connection keep-alive interval(in seconds): の値を任意の値に変更します。
3. OKボタンを押下します。
4. Workbenchを再起動します。（念のため。自分は再起動必要でした。）

原因

直接的にはクエリに時間がかかりすぎたことで、設定していた実行時間を超えたことが原因になります。

根本的には、集計クエリが最適化されていないことが原因でした。

クエリを改善して問題がなくなりました。